吴作人国际美术基金会拥有享誉海外的顶端品牌、兼收并蓄的广阔平台、得天独厚的行业资源，能为海内外艺术机构，艺术赞助人，和成熟企业提供独一无二的理想渠道来推动中国当代艺术的发展。
在运作方式上，以自主运作项目为主，同时兼有资助。其中由基金会自己策划并亲自组织实施（如“吴作人艺术奖”、“萧淑芳艺术奖”）和基金会将自己策划的项目委托其他机构实施完成（如由北京大学视觉与图像研究中心实施的“中国现代艺术档案”之吴作人档案、徐悲鸿档案）这两种方式为目前基金会的主营方式。对于由他人策划并实施的项目，基金会根据项目情况确定资金支持、学术支持、冠名支持等不同的资助方式。
随着中国经济实力的增强，近几年来社会上对文化艺术的捐赠意愿开始增长，而捐赠者要对自己所捐善款的使用方向加强监督的要求也越来越强烈。为更好地适应捐赠者的需求，基金会在遵守国家法律规定的前提下，为捐赠财产达到一定数额或者具有特别捐赠要求的捐赠者设立“专项基金”。
“专项基金”的管理方式分为两种。一种是按捐赠人意愿设立的有专门用途的“专项基金”。这类专项基金在项目选择、实施以及基金管理、运作等方面，都主要由吴作人基金会根据捐赠者的要求制定和实施。如“萧淑芳艺术基金”、“吴作人研究专项基金”、“汉画专项基金”、 “艺术史专项基金”等。
另一种则是针对一些有明确且独立做某项艺术公益事业意愿的机构或个人，在认可吴作人基金会的宗旨的前提下，所设立的自筹自支自管的“专项基金”。这类专项基金在项目选择、实施以及基金管理、运作上具有较大的自主性，其决策权归该专项基金的管理委员会。2009年新建的“中国艺术批评专项基金”和“艺术与文化政策研究专项基金”即属于此类。